Štyridsaťosemročnú žurnalistku zavraždili pred jej bytom v centre Moskvy 7. októbra 2006.
Niektorí v tomto prípade poukazujú na bizarnú zhodu náhod, kedže rovnaký deň v roku oslavuje Putin aj svoje narodeniny.
Vyšetrovanie vraždy Politkovskej sa vlečie už dlho a stále sa zamotáva. Z účasti na vražde Politkovskej obvinili čečenských bratov Džabraila a Ibragima Machmudovovcov, ktorí mali páchateľa, svojho brata Rustama, doviezť na miesto vraždy.
Bývalý policajný vyšetrovateľ Sergej Chadžikurbanov podľa prokuratúry poskytol vrahom logistickú podporu. Podľa vyšetrovateľov Politkovskú zastrelil v októbri 2006 na schodoch pred jej bytom Rustam Machmudov, ktorý z Ruska ušiel, v máji ho však polícia zadržala. Vo februári 2009 súd oslobodil všetkých štyroch mužov spod obvinení pre nedostatok dôkazov, no Najvyšší súd v júni 2009 oslobodzujúce rozsudky zrušil a nariadil ďalšie vyšetrovanie s tými istými podozrivými. Objednávateľa vraždy zatiaľ polícia nevypátrala.
Politkovská, reportérka dvojtýždenníka Novaja Gazeta, bola známou kritičkou Kremľa a ruských zásahov proti separatistom v Čečensku. Preslávila sa reportážami, v ktorých odhaľovala zločiny páchané ruskými vojskami na čečenskom obyvateľstve. Práve preto sa po jej smrti objavili podozrenia, že za jej vraždou stál Kremeľ. Ruské vedenie naopak tvrdí, že Politkovskú dal zavraždiť niekto zo zahraničia s úmyslom poškodiť obraz Ruska v zahraničí.