Podľa doteraz zverejnených dokumentov pochádzajúcich z archívu Ústavu pamäti národa bol Babiš evidovaný ako dôverník, neskôr údajne podpísal viazací akt a stal sa tak agentom ŠtB s krycím menom Bureš.
Predmetom obžaloby podanej už vo februári 2022 je obstaranie majetku zo strany štátu v rozpore so zákonom o verejnom obstarávaní, pričom nakladanie so štátnymi prostriedkami malo byť súčasne neefektívne a nehospodárne.