Podľa štúdie publikovanej v odbornom magazíne Journal of Clinical Microbiology sa zdá, že aj testy zisťujúce prítomnosť vírusu SARS-CoV-2 u ľudí sa budú musieť vyvíjať a prispôsobovať rovnako rýchlo, ako sa vyvíja samotný vírus.
Viac o téme: Koronavírus
Nové varianty koronavírusu spôsobujúceho ochorenie COVID-19 totiž môžu podľa amerických vedcov z Washingtonskej univerzity ovplyvniť schopnosť doteraz vysoko spoľahlivých PCR testov detekovať infikovaných ľudí.
Problém môžu spôsobiť aj už známe kmene vírusu SARS-CoV-2, ktoré v populácii kolujú. Správnosť výsledku tiež závisí od toho, aký konkrétny test sa pri testovaní potenciálnych prenášačov používa.
Vakcína od Sanofi a GSK vyvolala silnú imunitnú odpoveď, očkovať by sa ňou mohlo ešte v tomto roku
„Pokiaľ sa vírus neustále mení, čo je prirodzená vec, musíte ho neustále sledovať. Takéto štúdie naše testy neustále zlepšujú,“ povedala Chantal Vogelsová, virologička z Yale School of Public Health. V tomto prípade sa budú musieť zrejme vylepšiť aj PCR testy.
„Nobelovka“ za PCR metódu
PCR (polymerázová reťazová reakcia) je metóda, ktorá bola v roku 1993 ocenená Nobelovou cenou za chémiu. Výsledkom polymerázovej reťazovej reakcie je obrovský počet kópii špecifickej sekvencie DNA.
Táto metóda je založená na schopnosti DNA polymerázy, teda špeciálneho enzýmu, ktorý dokáže syntetizovať dlhé reťazce polymérov alebo nukleových kyselín podľa pôvodného (templátového) vlákna, „prepísať“ genetickú informáciu.
Lancet upozorňuje na chyby a nezrovnalosti v dátach ku klinickej skúške vakcíny Sputnik V
„PCR v podstate napodobňuje replikáciu DNA v in vitro podmienkach s rozdielom, že nedochádza k replikácii celej DNA ale len vybraného primermi ohraničeného miesta,“ uvádzajú Andrea Pastoráková a Robert Petrovič z Lekárskej fakulty Univerzity Komenského v Bratislave.
Primery sú krátke jednovláknové DNA sekvencie, ktoré umožňujú jednak DNA polymeráze začať so syntézou nového vlákna, zároveň tiež ohraničujú špecifickú oblasť, ktorú chceme amplifikovať, teda namnožiť.
Vedia sa vyhnúť
PCR test v súvislosti s COVID-19 je založený na detekcii genetického materiálu vírusu. Americkí vedci zistili, že nové varianty vírusu SARS-CoV-2 sa vedia primerom používaným v PCR testoch, ktoré by ich inak rozpoznali, „vyhnúť“.
Tvrdia, že mutácie v lokusoch (úsek molekuly DNA obsahujúci jeden gén) rozpoznávaných primérmi DNA môžu znížiť schopnosť množenia vírusových sekvencií a vo výsledku potenciálne brániť detekcii vírusu vo vzorkách jedincov pozitívnych na COVID-19.
Panikáriť však nikto nemusí. „Ukázalo sa, že je to skutočne dosť zriedkavé,“ upokojuje verejnosť podľa časopisu The Scientist virológ David Wang, spoluautor štúdie. Vyriešiť možné problémy by mohla zmena diagnostických testov.
U ruských netopierov objavili dva nové koronavírusy podobné SARS
Zatiaľ čo množstvo PCR testov na trhu vyhľadáva viacero genetických „cieľov“, niektoré PCR testy povolené na núdzové použitie hľadajú iba jeden. A to môže byť podľa Wanga problém.
Nepotvrdená hypotéza
Primery použité pri PCR testoch boli vyvinuté na začiatku pandémie, keď bol vírus SARS-CoV-2 prvýkrát sekvenovaný. Na základe informácií o iných koronavírusoch vedci navrhli PCR priméry, o ktorých sa predpokladá, že zostávajú relatívne stabilné.
Tento prístup bol použitý s veľkým úspechom, nakoľko vírus SARS-CoV-2 potvrdil vo vzorkách z výterov z nosohltanu, zo slín a dokonca aj z odpadových vôd. Vedci však tvrdia, že mutácie vírusu ovplyvňujú väzbu PCR primeru, ako aj proces amplifikácie.
Španielska štúdia dokázala, že kombinovanie vakcín je vysoko účinné. Ako je to s nežiaducimi účinkami
Túto hypotézu, bohužiaľ, nevedia na 100 percent potvrdiť, pretože sekvencie primerov v PCR testoch nie sú zverejnené. Podobné výsledky však ukázali aj ďalšie štúdie z minulosti publikované rovnako v Journal of Clinical Microbiology.
FDA aj CDC
Primery používané v PCR testoch pravidelne monitoruje Centrum pre kontrolu a prevenciu chorôb (CDC), ale aj iné inštitúcie.
Dokonca to, že mutácie vírusu SARS-CoV-2 by mohli mať vplyv na presnosť PCR testov, uznal aj americký Úrad pre kontrolu potravín a liečiv (FDA). Naďalej tiež sleduje všetky nové varianty a hodnotí ich potenciálne účinky na diagnostické testy.
Zaregistrovali nový test na COVID-19, nerobí sa výter z nosu a výsledky sú k dispozícii do hodiny
Úrad tiež poskytol vývojárom PCR testov odporúčania týkajúce sa navrhovania testov tak, aby vírusové mutácie mali minimálnu šancu na „únik“, a to práve zahrnutím viacerých genetických cieľov.
